MRSM Tun Ghafar Baba hanya menawarkan pengambilan pelajar untuk menengah atas sahaja iaitu Tingkatan 4 dan Tingkatan 5. MRSM Tun Ghafar Baba mampu menampung kapasiti pelajar  sehingga 900 orang pelajar. Untuk setiap tahun, pengambilan pelajar baru tingkatan 4 adalah lebih kurang 450 orang pelajar.

 

Terdapat 18 buah kelas untuk tingkatan 4 dan 18 buah kelas untuk tingkatan 5. Setiap kelas boleh memuatkan maksimum 25 orang pelajar. Tempoh pengajian di MRSM Tun Ghafar Baba adalah selama dua tahun ataupun empat semester. Pengajian di MRSM mengikut sistem semester seperti di Universiti. Pada setiap akhir semester, pelajar yang mendapat purata nilai gred (PNG) bersamaan 3.50 dan ke atas akan dianugerahkan dengan sijil Anugerah Penghormatan Pengetua.  Diakhir pengajian tingkatan 5,  para pelajar yang berjaya mengikuti dan lulus dalam sistem pendidikan MRSM akan diraikan dalam Majlis Graduasi menandakan mereka telah berjaya mengikuti sistem pendidikan MRSM dan mendapatkan Sijil Pendidikan MRSM (SPMRSM).

 

MRSM Tun Ghafar Baba merupakan salah satu daripada enam maktab Program Khas Pendidikan (PKP) di Malaysia, selain MRSM Langkawi, MRSM Taiping, MRSM Pengkalan Chepa, MRSM Pontian dan MRSM Kuantan. Kaedah pengambilan pelajar adalah sama dengan kaedah pengambilan pelajar bagi MRSM lain, namun begitu terdapat penekanan terhadap beberapa kriteria penting. Berikut ialah syarat kelayakan untuk memasuki salah satu daripada MRSM PKP :-

- Mendapat sekurang-kurangnya semua subjek A dalam Peperiksaan PT3. 
- Lulus ujian kecenderungan (UKKM). 

- Aktif dalam bidang ko-kurikulum. 

MRSM Tun Ghafar Baba hanya mengambil pelajar-pelajar baru untuk Tingkatan 4 sahaja pada setiap tahun. Kemasukan pelajar baru biasanya dilakukan pada bulan Februari. Permohonan untuk memasuki MRSM selalunya dibuka oleh Bahagian Pendidikan Menengah (BPM) MARA kepada calon-calon selepas peperiksaan pertengahan tahun. Calon-calon boleh mendapatkan nombor pin secara percuma di mana-mana Pejabat MARA Negeri, Pejabat MARA Daerah atau di MRSM berhampiran pada waktu pejabat  dalam tempoh yang ditetapkan.